1.柳州铁路局百色铁路医院

1997年，南昆铁路建成开通，柳州铁路局于同年8月4日下文成立柳州铁路局百色铁路医院，属正科级单位，开放病床50张，人员定编65人。医院下辖平果、田东、田林、板桃、册亨、八渡、兴义七个卫生所，主要为沿线铁路职工及家属提供医疗、预防保健等服务。

2000年9月，医院通过一级甲等医院评审。从1998年至2000年，柳州铁路局中心医院长期轮派内科、外科、妇产科专家到医院进行帮扶。2003年底，根据实际工作需要，撤销了部分卫生所，仅保留平果、田东、田林及兴义卫生所。

2.百色市人民医院城东分院

2004年9月27日，按照铁道部“主辅分离”规定，铁路医院移交社会职能部门管理，2004年10月3日，百色市人民政府决定将百色铁路医院划归百色市人民医院管理，同时更名为百色市人民医院城东分院。2006年8月10日，经当地卫生行政部门评审，兴义卫生所改为一级综合医院，设有病床23张。

3.百色市中医医院

2008年6月，百色市人民政府决定将百色市人民医院城东分院从百色市人民医院分离出来，与百色市民族医药研究所（百色市民族医医院）整合，组建百色市中医院，并于同年9月10日正式挂牌成立。但原和百色市人民医院合并时相互交叉运作的部分财产和交换使用的部分职工于2008年底仍未确定归属。

新成立的百色市中医院为百色市唯一的市级中医院，属正科级事业单位，增挂“百色市民族医药研究所、百色市民族医医院”牌子。人员定编150名，其中院长1名、副院长3名，管理人员16名，卫生技术人员126名，后勤服务人员4名。

2008年12月31日，百色市中医院更名为百色市中医医院。

2012年1月6日，市编办以（百编〔2012〕6号）文批复该院为副处级事业单位。